先确认你下载的是样本数据还是参考基因组

DNA数据下载流程的第一步是核对 accession 和样本元数据。搜索结果中可能同时出现项目编号、样本编号、实验编号、运行编号和文件编号，下载前应确认这些编号是否属于同一个样本🌟，以及测序平台、读长、单双端类型和物种描述是否一致。

压缩格式不能替代完整性验证。文件能够解压，只说明压缩结构基本可读，不能证明文件从头⭐到尾没有缺失；校验值一致、读段数量合理、配对关系正确，才构成可用的下载结果。

当目标是判断未知DNA究竟接近人、猪还是狗时，推荐保留原始文件、质控后文件、分类结果、比对统计和参考版本五类材料。完整记录能够区分“样本本身混合”和“下载或分析流程出错”，也方便在发现异常时重新检查，而无需从头猜测数据来源。

人or猪or狗的物种判断应先做数据质控

核基因组比对结果应重点看覆盖是否遍布多个染色体，而不是只看命中读段总数。一个候选物种如果只有线粒体区域出现高深度，而核基因组覆盖很低，可能是线粒体污染、样本混合或环境DNA，不应直接报告为纯样本。

混合样本判断应同时检查主物种信号和次要物种信号。若人、猪、狗三个参🌺考基因组都出现明显的高质量唯一比对读段，且次要信号分布在多个独立染色体，首先应考虑混样、交叉污染、样本标签错误或参考数据库偏差。