基因开关和发育时间不同

即使是功能相同的同源基因，碱基排列也不一定完全相同。某些变化可能影响蛋白质结构，另一些变化则会影响基因何时开启、在什么组织中表达，或者表达多少。大量细小变化累积后，就会表现为皮肤、毛发、体型、代谢和疾病易感性的差异。

狗在长期驯化和品种培育中受到强烈人工选择，体型、耳形、毛色、行为以及部分遗传病风险都可能在较短时间内出现明显分化。猪也经历了驯化和定向育种，生🔮长速度、脂肪沉积和体型等性状受到多个基因共同影响。不能简单认为某一种性状只由一条“决定性基因”负责。

狗则常用于研究遗传病、肿瘤和神经系统疾病。不同犬种在体型和疾病上的集中表现，便于研究某些遗传因素，但犬种差异也说明复杂性状通常由多个基因与环境共同决定。由此可见，“研究用途相似”不能直接等同于“整体DNA最相似”。

染色体排列和结构变异不同

染色体条数只是DNA包装和重排后的结果。例如，某些物种的染色体可能在进化过程中发生融合或断裂，数量因此变化，但这并不意味着基因数量或生物复杂度🔥按照染色体条数排列。